La fundación de Caazapá fue el punto e partida para la pacificación delos Paranáes. Con indígenas salidos de los montes, Bolaños fundó más tarde la reducción de Yuty, en 1611. Cuando tuvo que dejar el Paraguay para adoctrinar a los naturales de la provincia de Buenos Aires, le sucedió fray Alonso Velázquez, uno de los tantos misioneros españoles que vinieron al país.
La reducción de Yuty estaba formada por tirones de casas que rodeaban la gran plaza. En ésta se encontraba la iglesia cuya sacristía estaba casi unida al convento de los frailes. También había escuela de música y de primeras letras, un Cabildo con altillo, talleres, trapiches, olerías, puestos ganaderos y estancias.
En la iglesia de esta reducción, las reliquias de fray Juan Bernardo obraron tantos prodigios entre los indios, que el mismo Obispo fray José de Palos, al visitar Yuty en 1724, dejó constancia escrita de las maravillas que Dios obraba por intercesión del mártir franciscano.
Cuando los francisanos tuvieron que dejar Yuty en 1785, la reducción quedó a cargo del clero secular y el convento pasó a ser sede de la administración del pueblo, que desde entonces quedó en manos de particulares.